Apr. 25, 2013 Laboratory of Systems Medicine BASIC LINUX COMMANDS.

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1 Apr. 25, 2013 Laboratory of Systems Medicine BASIC LINUX COMMANDS

2  Servers  128.1.99.61  202.30.15.129  ID and password  Local machine  포맷 후 리눅스 재설치  Virtualbox 가상환경 사용 ACCESS TO LINUX SYSTEMS

3  SSH secure shell 이나 다른 터미널 사용  그래픽 환경을 위해 Cygwin 소프트웨어 설치  ssh –X hc27oclock@128.1.99.61  VirtualBox / VMWare 에 리눅스를 설치하면 편함 CONNECTING

4  ls (list)  옵션 –l: 자세한 보기  옵션 –a: 숨긴 파일도 보기  옵션 –h: 파일 용량을 3.3M, 35G 등으로 표시  옵션 –R: 내부 폴더까지 표시  옵션 –t: 수정된 시간 순으로 정렬 VIEW FILES

5  Root: /  개인 폴더 : /home/hc27oclock  or, ~hc27oclock  작업 폴더 : /data FILESYSTEM

6  cd (change directory) . : 현재 디렉토리 .. : 상위 디렉토리  mkdir (make directory)  mkdir 01_first_work  pwd (print working directory) DIRECTORIES

7  전체 남은 용량  df –h  현재 폴더가 차지하는 용량  du –hs. CHECK FREE SPACE IN THE HARD DRIVE

8  top  실행하고 있는 프로그램 이름과 빈 메모리 양을 보임  Process ID 를 아는 경우  ps –ef | grep 27098  Process 강제 종료  kill –KILL 27098 CHECK WORKLOAD

9  mv (move)  mv ( 복수의 파일 ) ( 대상 경로 )  cp (copy)  cp ( 복수의 파일 ) ( 대상 경로 )  rm (remove)  옵션 –i: y/n 으로 각각의 파일을 확인하며 삭제  옵션 –f: 확인 없이 무조건 삭제 MOVING, COPYING, AND REMOVING FILES

10  > : 터미널의 실행 결과를 파일로 저장  예 : ls –la > result.txt  | : 터미널의 실행 결과를 뒤 프로그램의 input 으로 사용  예 : echo “ls –la” | cat  ls –la | wc -l CHAIN EXECUTION

11  권한 확인  chmod ( 숫자 ) ( 파일이름 )  bit: (read)(write)(execute)  (4) (2) (1)  Three numbers:  본인  Users in the same group  Anyone  예 : chmod 775 download.sh PROBLEMS WHEN OPENING FILES

12  less ( 파일 이름 )  파일의 첫 부분을 열고, 화살표로 스크롤 가능  f: 한 페이지 앞으로 (front)  b: 한 페이지 뒤로 (back)  tail –f ( 파일 이름 )  파일이 계속해서 수정되는 경우 변동 상황이 보임  f: follow PREVIEWING TEXT FILES

13  인터넷 경로에서 파일 받기  wget –c http://www.python.org/ftp/python/2.7.3/Python-2.7.3.tgzhttp://www.python.org/ftp/python/2.7.3/Python-2.7.3.tgz  옵션 –c: 이어받기 (continue)  압축 풀기  tar zxvf Python-2.7.3.tgz  tar jxvf Python-2.7.3.tar.bz  gunzip Python-2.7.3.zip DOWNLOADING PROGRAMS

14  일반적 : README 나 INSTALL 파일 참조  잘 만들어진 프로그램의 경우 ./configure --prefix=/home/hc27oclock/program1/  make  make install INSTALLING PROGRAMS

15  General ./executable_name  Program in the path  executable_name  Java-based  java –jar /directory/to/program/GenomeAnalysisTK.jar 프로그램 실행