MICRO-ARRAY 화공생명공학과 20041199 이수진.

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1 MICRO-ARRAY 화공생명공학과 이수진

2 목차 1. 이론 2. 실험 목적 3. 실험 순서 4. 실험 결과 및 분석 5. 토의

3 이론 이론 Nucleic Acid DNA RNA 단백질의 아미노산 순서와 배열 결정 아미노산의 조립에 직접 참가하는 핵산

4 이론 PCR (Polymerase Chain Reaction) Step1 Denaturation 950C Step2
Annealing 540C Step3 Elongation 720C

5 이론 Hybridization

6 이론 Fluorescent Dye N-hydroxysuccinimide Reactive group
Cy3(550~670nm), Green Cy5(649~670nm), Red Aminoallyl group Carbon 5 of U or C

7 실험 목적 Detection of DNA and RNA of bacteria
RNA detection : Gene Expression 을 통한 병의 원인 규명 DNA detection : 잠복 균의 확인 Positive Control Ribosomal RNA Negative Control PolyA, DMSO DNA 5 Replicates

8 실험 순서 1.micro-array 제작 6개의 균 배양 S.typhi / S.flexneri / E.coli H7:O157
V.choleae / V.parahaemolyticus / V.vulnificus Extract DNA Gel Electrophoresis PCR 정량 Micro-array Chip 제작

9 실험 순서 2. Hybridization and Detection S.flexneri 의 Genomic DNA 추출
V.vulnificus 의 RNA 추출 Reverse Transcription PCR Gel Electrophoresis Gel Electrophoresis Cy5 labeling Cy3 labeling Mix hybridization

10 실험 결과 및 분석 Positive Control S.Flexneri DNA Cy3 V.vulnificus RNA Cy5

11 실험 결과 및 분석 <Positive Control > <S.Flexneri DNA , Cy3>
Damaged Substrate : slide 상의 개체들이 손상을 입은 경우 hybridization 시 cover glass의 움직임

12 실험 결과 및 분석 <V.vulnificus RNA , Cy5> <Positive Control >
Comets : spot에 꼬리가 생긴 경우 Micro-array spotting 시 DNA의 양이 일정하지 않았음

13 토의 DNA와 RNA의 detection 확인 DNA : 잠복 균 RNA: 병을 일으키는 균의 발현
한계 : Genomic DNA 이용 실제 적용 : 균에 감염된 동물(ex.쥐) 실험 수행 실제 RNA의 발현 확인 안됨 RNA의 발현 확인

14 감사합니다. Reference 생물학:생명의 과학/을유문화사 1993년/이광웅, 구혜영, 김원, 양재섭, 윤권
상, 이종섭, 최청일, 홍영남/248~277 분자생물학(2판)/라이프사이언스 2003년/Robert F. Weaver/29~30, 66~71, 701~703 미생물학(제 5판)/라이프사이언스 2003년/Lansing M. Prescott, Jhon P. Harley, Donald A. Klein/292~297, 576