학교법인 부동산 관련 지방세 장 상 록 (전) 문화시민운동협의회 총무팀장 (현) 대구광역시청 체납정리팀장

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학교법인 부동산 관련 지방세 장 상 록 (전) 문화시민운동협의회 총무팀장 (현) 대구광역시청 체납정리팀장 (현) 한국지방세연구원 지방세포럼 편집위원 (현) 한국지방세협회 기획전문위원 (현) 한국지방세연구회 자문위원 (현) 한국세무회계학회 상임이사 연락처 : (사무실) (휴대폰)

2 차례 학교법인 부동산 관련 지방세 제1장 조세총론 제2장 지방세 제3장 사립대학 관련 지방세 Ⅰ. 취득세 Ⅱ. 재산세
Ⅲ. 목적세 Ⅳ. 비과세감면 제3장 사립대학 관련 지방세 ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․ ․

3 학교법인 부동산 관련 지방세 제1장 조세총론 제2장 지방세 제3장 사립대학 관련 지방세

4 제1장 조세총론 Ⅰ. 조세의 의의 및 분류 1. 부과주체 국가 또는 지방자치단체 2. 납부단위 ① 원칙 금전으로 납부
1. 부과주체 국가 또는 지방자치단체 2. 납부단위 ① 원칙 금전으로 납부 ② 예외 물납인정(상속세 및 증여세•재산세 및 종합부동산세 등) 3. 국세 직접세 법인세, 소득세, 상속세 및 증여세, 종합부동산세 간접세 부가가치세, 개별소비세, 주세, 교통•에너지•환경세, 인지세, 증권거래세 부가세 교육세, 농어촌특별세

5 제1장 조세총론 Ⅰ. 조세의 의의 및 분류 지방세 ※ 특별시의 재산세(부동산분만) : 50%는 특별시세, 50%는 구세 구분
도 특별시.광역시 도세 시.군세 특별시.광역시세 구세 보통세 취득세 등록면허세 레저세 지방소비세 재산세 담배소비세 주민세 지방소득세 자동차세 취득세 레저세 담배소비세 지방소비세 주민세 지방소득세 자동차세 재산세 등록면허세 목적세 지역자원시설세 지방교육세 ※ 특별시의 재산세(부동산분만) : 50%는 특별시세, 50%는 구세

6 제1장 조세총론 Ⅰ. 조세의 의의 및 분류 4. 보통세와 목적세 5. 직접세와 간접세 6. 독립세와 부가세 보통세
사용용도를 특정하지 않고 일반경비에 충당하는 조세 목적세 조세수입의 사용용도를 특정하여 특정경비에만 충당하는 조세 5. 직접세와 간접세 직접세 납세의무자 = 담세자 간접세 납세의무자 ≠ 담세자(조세부담을 타인에게 전가) 6. 독립세와 부가세 독립세 독립된 세원에 대하여 부과하는 조세. 대부분의 조세 부가세 다른 조세의 납부세액에 대해 일정률을 부과하는 조세

7 제1장 조세총론 Ⅱ. 조세 통칙 1. 과세기간 과세표준의 계산에 기초가 되는 기간 2. 과세표준
세액산출의 기초가 되는 과세물건의 수량 또는 가액 3. 법정신고기한 세법에 의하여 과세표준신고서를 제출할 기한 4. 표준세율 지방세를 부과할 경우에 통상 적용하여야 할 세율로서 재정상 기타 특별한 사유가 있다고 인정할 경우에는 이에 따르지 아니할 수 있는 세율 4. 가산세와 가산금 가산세 : 세법 또는 지방세법에 규정하는 의무의 성실한 이행을 확보하기 위하여 의무를 이행하지 아니한 경우에 세법 또는 지방세법에 의하여 산출한 세액에 가산하여 징수하는 금액 가산금 : 국세 또는 지방세를 납부기한까지 납부하지 아니한 때에 고지세액에 가산하여 징수하는 금액(가산금:3%)과 납부기한 경과후 일정기한까지 납부하지 아니한 때에 그 금액에 다시 가산하여 징수하는 금액(중가산금)

8 제1장 조세총론 Ⅱ. 조세 통칙 6. 부과권에 대한 제척기간의 만료 세 목 구분 제척기간 국세 일반국세
① 사기 기타 부정행위로 포탈, 환급, 공세시 10년 ② 신고기한내 신고서를 제출하지 않은 경우 7년 ③ 기타의 경우 5년 상속세및증여세 ① 사기 기타 부정행위로 포탈한 경우로서 재산가액이 50억원을 초과시 사실을 안날부터 1년 ② 사기 기타 부정행위로 포탈, 환급, 공제시 15년 ③ 신고기한내 신고서를 제출하지 않은 경우 ④ 신고기한내 신고서를 제출하였으나 허위신고․누락신고한 경우(허위․누락분만) ⑤ 기타의 경우 지방세 ① 사기 기타 부정행위로 포탈, 환급, 공제시 ③ 일반적인 경우

9 제1장 조세총론 Ⅱ. 조세 통칙 7. 징수권에 대한 소멸시효의 완성
정부가 국세징수권을 일정기간 행사하지 않을 경우 징수권이 소멸된다. 권리자가 권리를 일정기간 행사하지 않은 경우 권리의 소멸을 가져오는 법률요건을 말한다 가. 소멸시효 징수권을 행사할 수 있는 때로부터 5년간 징수권을 행사하지 않으면 징수권이 소멸된다. 나. 징수권의 소멸시효의 완성

10 제2장 지방세 Ⅰ. 취득세 1. 취득의 개념 ① 유.무상취득불문 : 무상취득도 과세 ② 원시취득.승계취득, 간주취득 불문
③ 등기.등록, 허가여부 불문 : 미등기, 무허가도 과세 하는 일체의 사실상의 취득을 말한다.

11 제2장 지방세 Ⅰ. 취득세 2. 취득세 과세대상 구분 내용 1. 부동산 (1) 토지 (2) 건축물 1) 토지에 정착하는 공작물
2) 독립적인 시설물(토지․지하 또는 다른 구조물에 설치하 는 시설물) 지적법의 규정에 의한 토지 토지에 정착하는 공작물 중 지붕과 기둥 또는 벽이 있는 것과 이에 부수되는 시설물 레저시설, 저장시설, 도크시설, 접안시설, 도관시설, 급․배수시설, 에너지 공급시설 그 밖에 이와 유사한 시설(이에 부수되는 시설을 포함한다) 2. 차량 등록에 관계없이 원동기를 장치한 모든 차량과 피견인차 및 궤도 등 승객 또는 화물을 반송하는 모든 기구와 디젤 기관차, 광차 및 축전차(승계취득에 대해서만 과세) 3. 기계장비 건설공사용․화물하역용 및 광업용으로 사용되는 기계장비(승계취득에 대해서만 과세) 4. 입목 지상의 과수․입목과 죽목(묘목, 벌채된 나무는 제외) 5. 항공기 사람이 탑승․조종하여 항공에 사용하는 비행기 등 (승계취득에 대해서만 과세) 6. 선박 모든배 7. 광업권, 어업권 원시취득시 면제 8. 특정시설물 이용회원권 (1) 골프휘원권 (2) 승마회원권 (3) 콘도미니엄회원권 (4) 종합체육시설이용권 9. 비상장법인 과점주주의 주식취득 50% 초과소유 과점주주에 대해 과세

12 제2장 지방세 Ⅰ. 취득세 3. 비과세 등 가. 비과세 구분 내용 (1) 국가 등에 대한 비과세
① 외국정부, 주한국제기구 포함 - 우리정부 취득과세시 외국정부 취득 과세 ② 국가 등에 귀속․기부채납 조건 취득 부동산 및 사회기반시설도 비과세 (2) 신탁재산의 취득시 비과세 신탁법에 의한 신탁으로서 신탁등기가 병행 되는 것 - 주택조합등과 조합원 간의 부동산 취득과 주택조합등의 비조합원용 부동산 취득은 과세 (3) 환매권의 행사로 인한 부동산의 취득시 비과세 동원대상지역내의 토지의 수용․사용에 관한 환매권의 행사로 취득 (4) 임시용 건축물의 취득시 비과세 원칙 : 비과세 과세 : 존속기간 1년 초과시와 별장, 골프장, 고급주택, 고급오락장에 해당시

13 제2장 지방세 Ⅰ. 취득세 3. 비과세 등 나. 면제 (1) 학교 및 외국교육기관에 대한 면제 1) 취득세의 면제
초․중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립․운영에 관한 특별법」 또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다. 2) 취득세 면제가 적용되지 않는 경우 학교에 대한 면제 대상일지라도 다음의 경우에는 취득세를 과세한다. ① 해당자산을 수익사업에 사용하는 경우 ㉠ 수익사업의 범위 수익사업이라 함은 다음의 수익사업을 말한다. - 제조업, 건설업, 도․소매 및 소비자용품수리업, 부동산․임대 및 사업서비스업 등 수익이 발생하는 사업 - 「소득세법」에 의한 이자․할인액 및 이익 - 「소득세법」에 의한 배당 또는 분배금 - 주식․신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인하여 생기는 수입

14 제2장 지방세 - 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는
- 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령이 정하는 것을 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입 - 위의 소득외에 대가를 얻는 계속적 행위로 인하여 생기는 수입 ㉡ 수익사업에서 제외 다만, 다음의 사업은 수익사업으로 보지 아니한다. - 고등교육법의 규정에 의하여 설립된 의과대학 등의 부속병원이 경영하는 의료업 - 사회복지사업법에 의하여 설립된 사회복지법인이 경영하는 의료업 ② 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니한 경우 ㉠ 사용 유예기간 취득일부터 3년 이내에 용도에 직접 사용하여야 한다 ㉡ 정당한 사유 정당한 사유는 천재지변이나 법령에 의한 금지․제한 등 당해 법인에게 책임을 물을 수 없는 사실적인 사유로서 귀책사유가 당해 법인에게 없는 경우 ③ 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각․증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

15 제2장 지방세 (2) 천재 등으로 인한 대체취득에 대한 면제 1) 비과세 요건 : 2년 이내 동일규모 대체취득시 비과세
천재.지변으로 멸실 또는 파손된 건축물.선박.자동차 및 기계장비를 다음의 조건을 만족하는 경우 취득세를 부과하지 아니한다. ① 멸실일 또는 파손일부터 2년 이내에 ② 건축물을 복구하기 위하여 건축 또는 개수하거나, 대체취득(승계취득)하는 경우 ③ 선박을 건조․ 종류의 변경 및 대체취득(승계취득)시 ④ 자동차 또는 기계장비를 대체취득(승계취득)시 2) 예외 : 종전자산을 초과 취득분에 대해서는 과세

16 제2장 지방세 (3) 토지수용 등으로 인한 취득에 대한 취득세 면제 1) 면제 요건 : 1년 이내에 동일규모 대체취득시 비과세
2) 예외 : 과세되는 경우 ① 대상자산 : 부동산, 선박, 어업권 및 광업권 ② 선 수용 후 대체취득 계약 : 매수계약일 또는 사업인정고시일 이후에 대체취득 할 부동산 등의 계약을 체결하거나 건축허가를 받아야 한다. ③ 대체취득시기 : 보상금을 마지막으로 받은 날부터 1년 이내에 대체취득(건축중인 주거용 부동산을 분양받는 경우에는 분양계약을 체결한 때)하여야 한다. ① 사치성재산(별장, 골프장, 고급주택, 고급오락장 및 고급선박)의 취득시 ② 부재부동산 소유자가 부동산을 대체취득하는 경우 ③ 종전의 부동산 등의 가액의 합계액을 초과하는 경우에 그 초과액

17 제2장 지방세 (4) 환지계획․관리처분계획에 의한 취득과 체비지․보류지에 대한 취득세 면제 1) 면제 되는 경우
2) 예외 : 과세되는 경우 ① 부동산의 소유자가 환지계획 및 토지상환채권에 의하여 취득하는 토지 ② 관리처분계획에 의하여 취득하는 토지 및 건축물 ③ 사업시행자가 체비지 또는 보류지를 취득하는 경우 ① 청산금을 부담하는 경우 : 그 청산금에 상당하는 부동산 ② 환지계획 등에 의한 취득부동산 가액의 합계액이 환지 이전의 부동산가액의 합계액을 초과하는 경우 그 초과액에 상당하는 부동산[사업시행인가(승계취득일 현재 취득부동산소재지가 지정지역으로 지정된 경우에는 도시개발구역지정 또는 정비구역지정)]이후에 환지 이전의 부동산을 승계취득한 자에 한한다.

18 제2장 지방세 Ⅱ. 재산세 1. 재산세 과세대상 : 토지·건축물·주택·선박 및 항공기 2. 과세기준일 : 매년 6월 1일
3. 비과세, 면제 등 가. 국가 등에 대한 비과세 (1) 국가·지방자치단체·지방자치단체조합·외국정부 및 주한국제기구의 소유에 속하는 재산 - 다음의 재산에 대하여는 과세 ① 대한민국 정부기관의 재산에 대하여 과세하는 외국정부의 재산 ② 국가 등과 연부로 매매계약을 체결하고 그 재산의 사용권을 무상으로 부여받은 경우 매수계약자에게 납세의무가 있는 재산 (2) 국가·지방자치단체·지방자치단체조합이 1년이상 공용·공공용으로 무료로 사용하는 재산 - 유료로 사용하는 재산은 과세

19 제2장 지방세 Ⅱ. 재산세 나. 도로 등에 대한 비과세 다. 학교에 대한 면제
(1) 도로·하천·제방(堤防)·구거(溝渠)·유지(溜池) 및 묘지(지목이 묘지) (2) 산림보호구 기타 공익상 비과세할 상당한 이유가 있는 토지 (3) 임시용건축물로서 과세기준일 현재 1년 미만의 것 (4) 비상재해구조용·무료도선용·선교구성용과 본선에 속하는 전마용 선박 (5) 재산세 과세기준일 현재 철거명령을 받았거나 철거보상계약이 체결된 건축물 다. 학교에 대한 면제 학교 등이 과세기준일 현재 해당사업에 직접 사용하는 부동산(건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(재산세 과세특례세액 포함) 및 「지방세법」제146조 제2항에 따른 특정부동산에 대한 지역자원시설세를 면제한다. 단, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다.

20 제2장 지방세 Ⅱ. 재산세 4. 재산세 과세표준 가. 토지·건축물·주택 과세표준 = 시가표준액 × 공정시장가액 비율
※공정시장가액비율 토지 및 건축물 : 50%부터 90% 까지 주택 : 40%부터 80%까지 나. 선박·항공기 과세표준 = 시가표준액

21 제2장 지방세 Ⅲ. 목적세 1. 지역자원시설세 가. 과세대상 나. 납세의무자 ⇒ 공공시설로 인하여 이익을 받는 자
(1) 특정부동산에 대한 지역자원시설세 1) 소방시설에 대한 지역자원시설세 : 건축물(주택의 건축물부분 포함), 선박 2) 오물처리시설·수리시설·기타 공공시설에 대한 지역자원시설세 : 시행안함 (2) 특정자원에 대한 지역자원시설세 나. 납세의무자 ⇒ 공공시설로 인하여 이익을 받는 자 다. 비과세.과세표준 ⇒ 재산세와 동일

22 제2장 지방세 Ⅲ. 목적세 2. 지방교육세 가. 납세의무자 나. 과세표준과 세율
과세주체가 도(특별시와 광역시 포함) 인 목적세이며, 본세에 일정율이 부가되어 과세되는 부가세(附加稅) 가. 납세의무자 등록세(자동차의 등록에 대한 등록세 제외), 재산세, 레저세, 주민세균등할, 비영업용승용자동차에 대한 자동차세 및 담배소비세의 납세의무자는 지방교육세를 납부할 의무를 진다. 나. 과세표준과 세율 표준세율 탄력세율: 표준세율의 50/100의 범위안에서 가감 조정할 수 있다.

23 제2장 지방세 Ⅳ. 비과세감면 1. 사립학교 관련 지방세 감면 가. 학교 기숙사 등에 대한 감면 (1) 기숙사에 대한 감면
(가) 감면세액 고등교육법 제2조 제1호 내지 제5호의 규정에 의하여 설립된 학교가 기숙사로 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 [취득세]와 [등록세]를 면제하고, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 [재산세(과세특례세액포함)], [특정부동산분 공동시설세 및 주민세 재산분]을 면제한다. - 지특법 제42조 제1항, 감면분 농어촌특별세 납부 (나) 사후관리 취득일로부터 3년 내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 [취득세]를 추징한다.

24 제2장 지방세 Ⅳ. 비과세감면 나. 산학협력단에 대한 감면 (2) 실험실습용 자산
「교육기본법」 제11조에 따른 학교를 설치·경영하는 자가 학생들의 실험·실습용으로 사용하기 위하여 취득하는 차량·기계장비·항공기·입목(立木) 및 선박에 대하여는 [취득세]를, 과세기준일 현재 학생들의 실험·실습용으로 사용하는 항공기와 선박에 대하여는 [재산세]를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 과세대상물건의 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 해당 학교의 실험·실습용으로 직접 사용하지 아니하는 경우와 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 면제된 취득세를 추징한다. - 지특법 제43조 감면분 농특세 면제 나. 산학협력단에 대한 감면 산업교육진흥 및 산학협력촉진에 관한 법률에 의하여 설립된 산학협력단이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세(과세특례세액 포함) 및 특정부동산분 지역자원시설세를 면제한다. 한편, 2014년 12월 31일까지 주민세 및 지방소득세 종업원분을 면제한다. - 지특법 제42조 제1항, 감면분 농어촌특별세 면제

25 제2장 지방세 Ⅳ. 비과세감면 다. 창업보육센터사업자에 대한 감면 라. 평생교육시설 등에 대한 감면
「중소기업창업지원법」에 의하여 창업보육센터사업자의 지정을 받은 자가 창업보육센터용에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세의 100분의 50을 경감한다 감면분 농특세 납부. 라. 평생교육시설 등에 대한 감면 다음의 하나에 해당하는 평생교육시설용 등에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 [취득세]를, 과세기준일 현재 평생교육시설에 직접 사용하는 부동산(해당시설을 다른 용도로 함께 사용하는 경우 그 부분은 제외한다)에 대하여는 [재산세(과세특례세액포함)] 및 [특정부동산분 지역자원시설세]를 각각 2015년 12월 31일까지 면제한다. 감면분 농특세 면제 「평생교육법」의 규정에 따라 인가·등록·신고·보고된 평생교육시설 「박물관 및 미술관 진흥법」의 규정에 따라 등록된 박물관 및 미술관 「도서관법」 에 따라 등록된 도서관 「과학관육성법」에 따라 등록된 과학관

26 제2장 지방세 Ⅳ. 비과세감면 마. 사치성재산에 대한 감면배제 바. 감면신청 사. 토지에 대한 재산세의 경감률 적용
지방세법의 감면규정을 적용함에 있어 사치성재산에 해당하는 부동산 등은 감면대상에서 제외한다. 바. 감면신청 지방세법 감면규정에 의하여 지방세의 감면을 받고자 하는 자는 지방세감면신청을 하여야 한다. 다만, 시장·군수가 감면대상임을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다. 사. 토지에 대한 재산세의 경감률 적용 지방세법 또는 다른 법령에서 토지에 대한 재산세의 경감규정을 둔 경우에는 경감대상토지의 과세표준액에 당해 경감비율을 곱한 금액을 경감한다. 지방세를 감면받은 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 관할 지방자치단체의 장에게 감면에 관한 자료를 제출하여야 한다.

27 제2장 지방세 Ⅳ. 비과세감면 아. 중복감면의 배제 자. 감면자료의 제출
동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면함에 있어 2 이상의 감면규정이 적용되는 경우에는 그 중 감면율이 높은 것 하나만을 적용한다. 자. 감면자료의 제출 지방세를 감면 받은 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 관할 지방자치단체의 장에게 감면에 관한 자료를 제출하여야 한다.

28 제3장 사립대학 관련 지방세 1. 대학관련 지방세 감면 개요 ○ 비과세
1. 대학관련 지방세 감면 개요 세 목 감면(비과세) 과세 취득세 ㆍ교육용 부동산(법41 ①)ㆍ산학협력단 목적부동산(법42 ③) ㆍ수익사업용 부동산 (의대부속병원 제외) 주민세 균등분 ㆍ학교와 산학협력단(법41 ③) 재산분 ㆍ학교와 산학협력단(법42 ④) 수익사업 관련재산 자동차세 ㆍ과세 지방소득세 소득분 법인분 ㆍ수익사업 법인세 종업원분 ㆍ교육관계 종업원분(법42 ④) ㆍ수익사업 종업원분 과세 특별징수 ㆍ원천징수분 과세 등록면허세 ㆍ학교법인의 교육면허(법41 ③,⑤) ㆍ수익사업용은 과세 재산세 종합합산 ㆍ교육사업용 부동산(법41 ②)ㆍ산학협력단 목적부동산(법42 ③) ㆍ수익사업용 부동산 ‐의대부속병원 제외 ‐ 이전 취득토지 분리과세(령 제132조) 별도합산 분리과세 지역자원시설세 ㆍ교육사업용 부동산(법41 ④)ㆍ산학협력단 목적부동산(법42 ③) ‐의대 부속병원 제외 지방교육세 ㆍ등록세ㆍ균등할주민세 ㆍ재산세ㆍ자동차세 ○ 비과세 과세제외 또는 과세금지라고도 하는데 이는 지방자치단체의 의사여부를 불문하고 과세할 수 없는 것을 말한다 ○ 면제 법령에 의해서 납세의무의 전부 또는 일부를 해제하는 것으로 이러한 면제조치를 하게 되면 납세의무는 그 목적을 달성하지 못한 채 소멸한다 ※ 비과세 법률이 당해 대상을 과세물건에서 제외 ※ 면제 : 당해 대상을 과세대상으로 선택해서 납세의무 전부 또는 일부를 해제 ○ 면제점 과세표준이 일정한 금액 또는 수량 이하의 과세객체에 대해서는 과세를 제외 ○ 소액부징수 징수할 세액이 어느 일정금액에 미달할 경우에는 이를 징수하지 아니하는 것

29 제3장 사립대학 관련 지방세 2. 지방세 주요쟁송 사례 2) Y대 대법원 패소 사례분석
1) 사립대학 지방세 과세에 대한 주요 쟁송사례 구 분 J대학교(광주) K대학교(수원) S대학교(수원) Y대학교(경산) 쟁점사항 1.생협운영 복지관 2.이공대학부분 구내식당,매점운영 3.창업보육센터 업체회비및관리비 기숙사내부식당, 편의점 운영 학교발전기금받는 대가로 위탁경영토록한 후생복지시설 캠퍼스 내전반적 학생복지 시설 외부업자에게 임대하여 건물내음식숙박업, 커피숖, 객실 운영 예식장, 고급식당운영 부 과 액 1억4천만원 4억6천만원 1억원 1억2천만원 과세관청 광주 동구청장 경기 용인시장 경기 수원시장 경북 경산시장 발 생 일 2001년 6월 2002년 7월 2003년( ) 2000년 4월 판 결 (사립 대학 승소여부) 1심:승소( ) 2심:조정에따라 원고취하( ) 1심:승소( ) 2심:승소( ) 3심:승소( ) 1심:일부승소( ) 2심:승소( ) 3심:승소( ) 1심:패소(99.9.2) 2심;패소(00.4.7) 3심:패소( ) 2) Y대 대법원 패소 사례분석 문제된 건물의 일부가 학술 세미나 개최 등 교육사업을 위한 지원시설로 이용되었지만, 학교시설이 외부고객에게 개방된 점, 회의실 및 객실의 이용료가 외부에 비해 상대적으로 저렴하다고 인식되지 않아 교직원의 편의시설로 판단되지 않는 점, 위탁업자(임차인)로부터의 대가를 받은 점 등을 종합하여 쟁점 건물이 사실상의 수익사업에 쓰이고 있다고 판단 한 것으로 보인다. 구 분 J대학교(광주) K대학교(수원) S대학교(수원) Y대학교(경산) 쟁점사항 1.생협운영 복지관 2.이공대학부분 구내식당,매점운영 3.창업보육센터 업체회비및관리비 기숙사내부식당, 편의점 운영 학교발전기금받는 대가로 위탁경영토록한 후생복지시설 캠퍼스 내전반적 학생복지 시설 외부업자에게 임대하여 건물내음식숙박업, 커피숖, 객실 운영 예식장, 고급식당운영 부 과 액 1억4천만원 4억6천만원 1억원 1억2천만원 과세관청 광주 동구청장 경기 용인시장 경기 수원시장 경북 경산시장 발 생 일 2001년 6월 2002년 7월 2003년( ) 2000년 4월 판 결 (사립대학 승소여부) 1심:승소( ) 2심:조정에따라 원고취하( ) 1심:승소( ) 2심:승소( ) 3심:승소( ) 1심:일부승소( ) 2심:승소( ) 3심:승소( ) 1심:패소(99.9.2) 2심;패소(00.4.7) 3심:패소( )

30 제3장 사립대학 관련 지방세 3. 지방세 주요 추징 사례 1)대학교 구외 인근에 있는 기숙사 농특세 추징
2) 다른 지방자치단체 소재 기숙사 농어촌특별세 추징 3) 의과대학 부속병원 편의점 임대한 경우 취득세 추징 ☐ 주요쟁점 : 대학교 구외 인근에 있는 기숙사가 비과세 대상인지 여부? ☐ 추징현황 ○ : 학교법인이 토지 681㎡, 지상건축물 1,694.1㎡ (다세대16세대)취득 ○ : 취득세 등 260백만원 감면 신청 ○ : 취득세 등 260백만원 감면 확인 통지 ○ : 농어촌특별세 57백만원 추징 ☐ 추징이유 : 학교 구외에 위치한 기숙사는 교육용에 직접 사용하는 부동산이라기보다는 학생 등을 위한 후생복지시설로서 지방세법제272조제6항에서 취득세 등의 감면대상으로 규정하고 있는 기숙사에 해당함 ○ 취득가액 : 5,400백만원 ○ 농어촌특별세: 57백만원 추징 ☐ 납세자의견 ○ 고등교육법에 의한 학교 구내에 기숙사 시설이 부족하여 부득이 재학생들의 기숙사로 직접 사용하기 위하여 취득한 학교 인근에 소재한 주택으로 사립학교교육용 기본재산에 해당함으로 농어촌특별세 비과세 하여야 한다. ☐ 심판청구 등 최종결정 : 기각 (조심 2010지376, ) ☐ 주요쟁점 : 교환학생 기숙사로 사용하기 위하여 다른 지방자치단체에 소재하는 부동산을 취득하는 경우 취득세 등의 비과세 대상인 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당 하는지 여부 ? ☐ 추징현황 ○ : 학교법인이 토지 3,091㎡ 및 지상건축물 3,776.7㎡ 취득 ○ : 취득세 등 741백만원 감면 신청 ○ : 취득세 등 741백만원 감면 확인 통지 ○ : 농어촌특별세 148백만원 추징 ☐ 추징이유 : 다른 지방자치단체에 소재하는 기숙사는 교육용에 직접사용하는 부동산이라기 보다는 학생 등을 위한 후생 복지시설로서 지방세법제272조제6항에서 취득세 등의 감면대상으로 규정하고 있는 기숙사에 해당함 ○ 취득가액 :19,360백만원 ○ 농어촌특별세: 148백만원 ☐ 납세자의견 ○ 고등교육법에 의한 학교 구내에 기숙사 시설이 부족하여 부득이 재학생들의 기숙사로 직접 상요하기 위하여 취득한 학교 인근에 소재한 주택으로 사립학교 교육용 기본재산에 해당 함으로 농어춘특별세 비과세 하여야 한다고 주장함  ☐ 심판청구 등 최종결정 : 기각 (조심 2010지749, ) ☐ 주요쟁점 : 의과대학 부속병원으로 취득한 건물의 일부를 식당, 편의점, 등을 임대한 경우 취득세 등을 부과고지 할 수 있는 지 여부 ? ☐ 추징현황 ○ : 학교법인이 지하6층 지상22층 연면적 189,967.46㎡ 임시사용승인 ○ : 사용승인 ○ 부터 의과대학 부속병원을 운영하면서 (주)000과 편의시설(안경점, 은행, 신협, 식당, 편의점 등)을 (2년) 임대보증금 10억 정액의 경우 매월4백만원, 정률의 경우 15% - 21%까지 임대료 지급 받기로 임대차계약 ○ : 등록세 36백만원 지방교육세 7백만원 신고납부 ○ : 취득세 108백만원, 농특세 10백만원 합계 118백만원 부과고지 ☐ 추징이유 : 의과대학 부속병원으로 취득한 건물의 일부를 식당, 편의점, 커피점 등의 용도로 제3자에게 임대한 경우 수익사업에 사용하는 것으로 보아 취득세 등을 추징 ○ 취득가액 : 4,500백만원 ○ 농어촌특별세 : 43백만원 ☐ 납세자의견 ○ 의료법 제58조에서 의료기관의 질적향상을 위하여 보건복지부에서 의료기관의 편의시설 운영상태를 평가하고 제3자에게 임대하여 운영하는 것이 보다 효율적이고 편의시설 임대료 수입이 건축물 전체면적에서 발생하는 수입금액의 0.71%(면적비율1.82%)에 불과하며 수입금액도 모두 비영리사업자인 학교법인에 공여되고 있고 편의시설에 대하여 임대료를 받고 있으나 임대사업으로 수익성 있다거나 임대수익을 목적으로 한 것이라고 보기 어렵다고 주장 ☐ 심판청구 최종결정 : 기각 (조심 2010지263, )

31 제3장 사립대학 관련 지방세 4) 대학 내 골프연습장 취득세 등 추징 5) 토지 취득 후 3년이내 미사용한 토지 취득세 추징
5) 토지 취득 후 3년이내 미사용한 토지 취득세 추징 ☐ 주요쟁점 : 대학 내 골프연습장을 평생교육시설로 보아 취득세 등을 면제하여야 하는지 여부? ☐ 추징현황 ○ : 학교법인이 교육연구, 복지시설 2,743.87㎡(000대학골프연습장) 신축 ○ : 취득세 등 84백만원 감면 신청 ○ : 취득세 등 84백만원 감면 통지 ○ : 취득세 등 100백만원 추징 ☐ 추징이유 : 의과대학 부속병원으로 취득한 건물의 일부를 식당, 편의점, 커피점 등의 용도로 제3자에게 임대한 경우 수익 사업에 사용하는 것으로 보아 취득세 등을 추징 ○ 취득가액 : 5,400백만원 ○ 취득세 : 108백만원, 등록세 : 108백만원 농특세: 10백만원 합계 : 236백만원 ☐ 납세자의견 ○ 골프연습장은 골프경영학과의 실습장과 000대학 부설평생교육원의 교육시설로 사용되고 있고 골프연습장 운영으로 발생한 수익은 학교의 고유목적 사업에 사용되고 있으므로 골프연습장은 비영리사업자가 그 사업에 직접사용하는 부동산이며 도세감면조례에 규정한 평생교육시설용부동산 에 해당 된다고 주장함 ☐ 심판청구 등 최종결정 : 기각 (조심 2009지140, ) ☐ 주요쟁점 : 학교법인이 취득한 토지를 3년이내에 직접 사용하지 아니한 경우 비과세한 취득세 추징 하는지 여부 ? ☐ 추징현황 ○ : 학교법인이 19필지 291,234㎡ 취득 ○ : 취득세 등 342백만원 감면 신청 ○ : 취득세 등 342백만원 감면 통지 ○ : 취득세 등 410백만원 추징 ☐ 추징이유 : 실습장으로 사용 될 수 있는 상태가 아닌 취득당시 그대로의 임야 상태이고 학교구외에 위치하고 있기 때문에 학교용에 직접 사용하는 부동산에 해당되지 아니함 ○ 취득가액 : 6,000백만원 ○ 취득세 :120백만원, 지방교육세 :24백만원 등록세 : 180백만원 농특세 : 18백만원, 합계 : 342백만원 ☐ 납세자 의견 ○ 대학교 학교부지와 연접하고 있고 대학설립운영규정상 최소한의 교지를 확보하기 위하여 매입한 후 대학시설 현황을 교육인적장원부에보고 하였으며 숲으로 이루어진 산림지역으로서 자연 그대로의 휴식공간 및 교육환경 개선의 역할을 충분히 하고 있음에도 시설물설치공사를 하지 아니하였다고 취득세 등을 추징함은 부당함 ☐ 심판청구 등 최종결정 : 기각 (조심 2009지140, )

32 제3장 사립대학 관련 지방세 4. 학교법인 주요 지방세 감사지적 사례 5. 학교법인 지방세 추징관련 전략
1)학교법인이 95년 이전부터 소유한 부동산 재산세 환부 1) 취득 후 사후관리 철저 (지방세 추징 요건 배제 등) ☐ 행정 안전부 지방세 컨설팅감사 지적 사례 ○ 학교법인 소유한 농지, 임야 및 임대용 건물의 부속토지는 1995년 이전에 취득 소유하고 있는 경우에 한하여 분리과세 하여야 함에도 종합합산 과세한 처분을 분리과세 함으로 재산세 환부 ○ 2009년 행안부의 경기도 지방세컨설팅 감사 시 학교법인 14개 법인 년간 재산세 32억원 환부, 종합부동산세 환부 여부 ? ○ 환부이유 : 95년 이전 취득한 비영리사업자 소유토지 분리과세 대상임 ☐ 학교법인 소유 임대용 건물 부속토지 및 임대용 토지 재산세 환부한 사례 ○ 학교법인 소유한 임대용 건물의 부속토지 및 임대용 토지에 대하여 종합합산 과세한 처분을 분리과세 함으로 재산세를 환부 ○ 2007년 대구시 소재 학교법인 3개 법인 5년간 재산세 2억원 환부, 종합부동산세 환부 여부 ? ☐ 추징 요건 ○ 수익사업에 해당하는 경우 ○ 취득일부터 3년이내 정당한 사유없이 미사용하는 경우 ○ 사용일부터 2년이상 미사용, 매각, 증여하는 경우 ☐ 취득 후 사후 관리 철저 ⇒ 추징 되지 않도록 관리 철저 필요 ☐ 골프 연습장 등 용도지역별 배율초과, 학생실습용 등을 명확히 구분하는 등 사전에 지방세담당자 상담 및 관련법령을 검토하여 지방세 추징에 대비가 필요함 ☐ 사립대학의 지방세문제에 관한 연구는 최근에 꾸준히 증가하고 있으나, 대학에 대한 세제지원(세법개정)을 위한 체계적이고 조직적인 노력이 부족해 보임 ⇒ 한국사학진흥재단, 지방세 전문 연구기관 등에서 체계적으로 연구한 자료 세법개정 건의 ☐ 사립대학이 지방세 문제에 대하여 체계적으로 대처할 여력이 없거나, 영리기업과 달리 비영리단체인 사립대학에 대한 지방세 추징문제가 부각 된 것이 비교적 최근의 일이어서 관심과 긴장감이 떨어질 수 밖에 없는 상황이라고 사료 되나 ☐ 최근 과세사례 증가 및 세무조사의 정례화 등으로 지방세 분쟁 사례 증가 하고 있으므로 사립대학에 대한 지방세 추징 사전 예방 뿐만 아니라 불합리한 지방세법 조항 개정을 추진하는 것이 필요 2) 전문적, 체계적 접근의 필요성

33 제3장 사립대학 관련 지방세 6. 최근 조세심판원 결정례 3) 학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산 해당 여부
제3장 사립대학 관련 지방세 6. 최근 조세심판원 결정례 3) 학교가 해당 사업에 직접 사용하는 부동산 해당 여부 【지방세운영과-1505, 】  <질의요지> 00전자 등이 국가(舊 00대학교)에 기부채납한 쟁점건축물을 국가가 국립대학법인(現 00대학교)에게 무상양여하여, 현재 00전자 등이 연구소용으로 사용 중인 바, 쟁점건축물을 학교(現 00대학교)가 “해당 사업에 직접 사용하는 부동산”으로 보아 재산세를 면제할 수 있는지 여부 <회신내용> 가.「지방세특례제한법」 제41조 제2항은 “학교등이 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산(대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지를 포함한다)에 대하여는 재산세(「지방세법」 제112조에 따른 부과액을 포함한다) 및 「지방세법」 제146조제2항에 따른 지역자원시설세를 각각 2012년 12월 31일까지 면제한다. 다만, 수익사업에 사용하는 경우와 해당 재산이 유료로 사용되는 경우의 그 재 산 및 해당 재산의 일부가 그 목적에 직접 사용되지 아니하는 경우의 그 일부 재산에 대하여는 면제하지 아니한다.”라고 규정하고 있습니다. 나. 위 규정에서 학교의 ‘해당 사업’이라 함은 학교의 교육사업 자체를 의미하는 것이고, 해당 사업에 직접 사용된다 함은 강의실, 교수연구실, 대학본부, 학생기숙사, 강당 등과 같이 해당 건축물의 사용용도가 대학의 구성원으로서 필요불가결한 존재인 학생 및 교직원의 교육 및 연구활동에 직접 사용되는 것에 한하는 것으로 보아야 할 것(같은 취지 대법원 선고 92누 7315 판결, 감사원 결정 제 호 결정 참조)입니다. 또한,「국립대학법인 서울대학교 설립·운영에 관한 법률」제20조 제2항 및 같은 법 시행령 제8조는 국립대학법인 서울대학교는 국가 또는 지방자치단체로부터 무상으로 양도받은 재산을 교육·연구에 직접 사용되는 재산과 그 외의 재산으로 구분하여 관리하도록 규정하면서, 교육·연구에 직접 사용되는 재산을 「대학설립·운영규정」제4조 제1항 및 제5조 제2항에 따른 교사(校舍)와 교지(校地), 그 밖에 교육·연구에 직접 사용되는 시설·설비 및 교재·교구라고 규정하고 있는 바, 대학안의 건축물이 대학의 교육·연구에 직접 사용되는 재산에 포함되기 위해서는 최소한 「대학설립·운영규정」에 따른 교사(校舍)의 범위에 해당되어야 할 것입니다. 다. 쟁점건축물은 대학의 교지안에서 산업체 등이 운영하는 연구소로서 「산업교육진흥 및 산학연협력촉진에 관한 법률」 제37조에서 규정하고 있는“협력연구소”에 해당하며,「대학설립·운영규정 1) (조심2012지 ) 청구법인 산하의 산 협력단은 청구법인과는 그 설립취지나 목적 등이 다른 별도의 법인에 해당하므로 산학협력단이 쟁점부동산을 창업보육센터용으로 직접 사용한다 하더라도 취득세 비과세 대상으로 보기는 어려움 2) (조심2012지 ) 청구법인 산하 산학협력단은 청구법인과는 그 설립취지나 목적 등이 다른 별도의 법인에 해당하므로 산학협력단이 쟁점부동산을 창업부동산용으로 직접 상요한다 하더러도 취득세 비과세 대상으로 보기 어려뭄,(2) 「사회기반시설에 대한 민간투자법」에 해당하는 사회기반시설에 대하여는 농어촌특별세를 비과세 하는 것이므로 00대학은 위 규정에 의한 사회기반시설에 해당하지 아니하는 이상 농어촌특별세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없음

34 제3장 사립대학 관련 지방세 4)학교구내 기숙사의 위탁운영시 농어촌특별세 비과세 판단(행안부 지방세운영--764, ) 사립학교법에 의한 학교법인이 학교구내에서 기숙사를 건축한후 제3자에게 위탁하여 운영되고 있는 경우라면 대법원판례에서 학교법인이 교육용기본재산에 편입된 토지를 그 사업에 직접 사용한다고 함은 학교법인이 설치․경영하는 사립학교의 교지, 체육장과 같이 당해 토지의 사용용도가 학교법인의 교육용도에 직접 사용되는 것을 뜻한다고 보아야 할 것이다라고 판결(94누224, )하고 있고, 건물부분을 위탁 관리하도록 하고 임대보증금 및 임대료를 지급받았다고 하더라도 학생 및 교직원들의 후생복지시설로 운영되고 있고 그 임대차 계약에 의하여 그로부터의 이탈이 엄격히 통제되고 있으며, 달리 임대사업으로서의 수익성이 있다거나 임대수익을 목적으로 한 것이라고 볼 증거가 없는 이상 이사건 건물부분의 사용이 수익사업으로 되는 것은 아니라고 판단한 것은 정당하다고 판결(2005두10255,2006,12.7)하고 있음에 비추어 보때 당해 학교법인에서 학교 구내에 건축한 기숙사를 제3자에게 위탁하여 운영하고 있다 하더라도 그 정황상 달리 수익사업에 사용하고 있다고 볼 증거가 없는 경우에 해당된다면 그 기숙사 시설은 학교법인이 학교사업에 직접 사용하는 것으로 보아 지방세법 제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호 농어촌 특별세법 시행령 제4조 제6항 제5호의 규정을 적용하여 취득세․등록세 및 농어촌특별세를 비과세 하여야 할 것임 ○ 사실관계 및 현황 : 학교 구내에 건물 신축 : 취득세 등비과세(용도구분비과세) : 기숙사 해당부분 농특세 과세예고근거(지방세법제272조제6항)

35 연락처 : (사무실)053-803-2540 (휴대폰)010-8599-4492 (e-mail)jangsl@korea.kr
감사합니다 장 상 록 (전) 문화시민운동협의회 총무팀장 (현) 대구광역시청 세정담당관실 체납정리팀장 (현) 한국지방세연구원 지방세포럼 편집위원 (현) 한국지방세협회 기획전문위원 (현) 한국지방세연구회 자문위원 연락처 : (사무실) (휴대폰)