HERVs 의 LTR은 강력한 프로모터로 작용하지만 특정 유전자에서만 작용을 하고 있으며, 또한 특정 조직이나 cell line에서만 작용하고 있다. 무엇이 이러한 HERV들을 조절하는 것일까?

Presentation on theme: "HERVs 의 LTR은 강력한 프로모터로 작용하지만 특정 유전자에서만 작용을 하고 있으며, 또한 특정 조직이나 cell line에서만 작용하고 있다. 무엇이 이러한 HERV들을 조절하는 것일까?"— Presentation transcript:

1 HERVs 의 LTR은 강력한 프로모터로 작용하지만 특정 유전자에서만 작용을 하고 있으며, 또한 특정 조직이나 cell line에서만 작용하고 있다. 무엇이 이러한 HERV들을 조절하는 것일까?

2 Transcription DNA RNA polymerase Transcription factors
가장 중요한 것인 active site의 확보이다. 다양한 유전자들에서 hypersenstive site가 activated되기 전에 나타난다.

3 Methylation 초파리와 꼬마 선충, 효모에는 메틸레이션이 일어나지 않고 박테리아에서는 아데닌과 시토신이 모두 메틸레이션이 된다.

4 CpG islands는 보통 5’ 쪽에 나타나지만, 3’ 쪽에 나타나기도 한다.

5 실험 방법 Methylated GC dinucleotide에 민감한 Isoschizomers를 사용해서 실험을 하면 메틸레이션 양상을 볼수 있다. 만약 메틸레이션이 일어나서 DNA가 HpaII에 잘려지지 않으면 그부분은 inactive한 상태이고, 메틸레이션이 일어나지 않아서 잘려지면 active한 상태인 것이다.

6 일반적인 경우 CpG doublets은 약 100bp 당 1개 꼴로 발견되지만, APRT같은 경우는 10배나 많이 발견되는 경우도 있다. 감마 글로빈은 -200~+90사이에서 메틸그룹이 있으면, 전사가 억제된다.

7 CpG island에 Methylation이 일어나면 어떻게 전사에 영향을 줄것인가?
특정 factor의 binding을 막아서 조절한다. (promoter나 조절인자의 binding site) DNA에 결합하는 억제자를 유도한다.

8 Produced by Huh Jae-Won

9 방법 결국 5-methylcytosine만 cytosine으로 증폭된다. 그러므로 cytosine을 찾아서 메틸레이션 맵을 작성한다.

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15 RT-PCR의 mRNA pool 과 5’LTR의 promoter activity는 상관관계가 없다.
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17 In vitro 실험 메틸레이션된 정도와 promoter activity와는 negatively correlation을 보여준다.

18 CpG 메틸레이션이 HERV-K의 provirus가 germ line에 integration 한 뒤에 silencing 시켰다.

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20 Discussion CpG methylation이 직접적으로 HERV-K 의 전사를 조절한다. (Tera-1 cell line) 하지만 T47D cell line에서는 CpG methylation이외에 다른 factor가 HERV-K의 전사를 조절 할 것이다. 1의 결과는 GCT(HERV-K up regulation과 hypomethylation)에 적용 가능하다. 즉 CpG가 hypomethylation으로 진행이 되면 HERV-K 5’LTR의 activity에 영향을 준다. (seminoma tumor, ovarian carcinoma에서 hypomethylation이 관찰되었다.) GCT(germ cell tumor) : seminoma, choriocarcinoma, yolk sac tumor, embryonal carcinoma, teratocarcinoma의 종류가 있다.

21 Progressing report SVA(Sine-R): 분자 계통분류학적인 방법을 통해 패밀리정의(태홍, 유연)-진행중
휴먼 Vs 침팬지의 비교를 통한 tendom repeat연구(태형, 대수)-진행중 허부 관련된 유전자 연구-계획-진행중(실원 모두) 휴먼 그리고 침팬지 특이적인 리피트 엘리먼트 동정-계획단계(재형)

22 HERV-K related gene for experiments Produced by Huh jae-won

23 1-SIPL: alternative start 제공
재원 BQ016934: lung(cystic fibrosis-섬유증) : start뿐만 아니라 단백질도 바뀜

24 Alternative splicing: CB121278(cervix), BE397752(lymph node), BM782895(carcinoma)
앞부분은 다양하지만 결국 번역되어서 단백질은 똑 같다.

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26 HERV의 트랜스 크립트가 단백질에 영향을 준다
HERV의 트랜스 크립트가 단백질에 영향을 준다.: realtime PCR을 통해서 HERV에 의한 트랜스크립트의 영향을 분석 할수 있다.

27 뒷부분이 완전히 다른 단백질이 생긴다.

28 HERV는 아니지만 alternative splicing 존재. CB159144: 하지만 단백질이 어떻게 변하는지 정확하지 않음

29 BM686124: alternative splicing: 180bp첨가(CDS영역) (choroid:맥락막) – 좀더 다양한 트랜스 크립트가 있는것 같음: 다양한 EST연구 필요
은실

30 단백질의 변화가 있음 태홍

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36 다른 트랜스크립트 존재 홍석

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