Apr. 25, 2013 Laboratory of Systems Medicine BASIC LINUX COMMANDS
Servers ID and password Local machine 포맷 후 리눅스 재설치 Virtualbox 가상환경 사용 ACCESS TO LINUX SYSTEMS
SSH secure shell 이나 다른 터미널 사용 그래픽 환경을 위해 Cygwin 소프트웨어 설치 ssh –X VirtualBox / VMWare 에 리눅스를 설치하면 편함 CONNECTING
ls (list) 옵션 –l: 자세한 보기 옵션 –a: 숨긴 파일도 보기 옵션 –h: 파일 용량을 3.3M, 35G 등으로 표시 옵션 –R: 내부 폴더까지 표시 옵션 –t: 수정된 시간 순으로 정렬 VIEW FILES
Root: / 개인 폴더 : /home/hc27oclock or, ~hc27oclock 작업 폴더 : /data FILESYSTEM
cd (change directory) . : 현재 디렉토리 .. : 상위 디렉토리 mkdir (make directory) mkdir 01_first_work pwd (print working directory) DIRECTORIES
전체 남은 용량 df –h 현재 폴더가 차지하는 용량 du –hs. CHECK FREE SPACE IN THE HARD DRIVE
top 실행하고 있는 프로그램 이름과 빈 메모리 양을 보임 Process ID 를 아는 경우 ps –ef | grep Process 강제 종료 kill –KILL CHECK WORKLOAD
mv (move) mv ( 복수의 파일 ) ( 대상 경로 ) cp (copy) cp ( 복수의 파일 ) ( 대상 경로 ) rm (remove) 옵션 –i: y/n 으로 각각의 파일을 확인하며 삭제 옵션 –f: 확인 없이 무조건 삭제 MOVING, COPYING, AND REMOVING FILES
> : 터미널의 실행 결과를 파일로 저장 예 : ls –la > result.txt | : 터미널의 실행 결과를 뒤 프로그램의 input 으로 사용 예 : echo “ls –la” | cat ls –la | wc -l CHAIN EXECUTION
권한 확인 chmod ( 숫자 ) ( 파일이름 ) bit: (read)(write)(execute) (4) (2) (1) Three numbers: 본인 Users in the same group Anyone 예 : chmod 775 download.sh PROBLEMS WHEN OPENING FILES
less ( 파일 이름 ) 파일의 첫 부분을 열고, 화살표로 스크롤 가능 f: 한 페이지 앞으로 (front) b: 한 페이지 뒤로 (back) tail –f ( 파일 이름 ) 파일이 계속해서 수정되는 경우 변동 상황이 보임 f: follow PREVIEWING TEXT FILES
인터넷 경로에서 파일 받기 wget –c 옵션 –c: 이어받기 (continue) 압축 풀기 tar zxvf Python tgz tar jxvf Python tar.bz gunzip Python zip DOWNLOADING PROGRAMS
일반적 : README 나 INSTALL 파일 참조 잘 만들어진 프로그램의 경우 ./configure --prefix=/home/hc27oclock/program1/ make make install INSTALLING PROGRAMS
General ./executable_name Program in the path executable_name Java-based java –jar /directory/to/program/GenomeAnalysisTK.jar 프로그램 실행