The Genomics Institute (TGI) TGI Student Manual The Genomics Institute (TGI) Version: 20141214

Contents TGI Vision TGI Mission / Goals TGI Roles TGI Theory & Rules TGI Management TGI Human Relationship TGI Researchers Students Manual Bioinformatics tools Manual TGI Resources Genome lab Location information Additional information

Vision Curing Cancer: By 2022 Curing Aging: By 2042 New evolution theory

Mission / Goal Human Genomics Genomics Infrastructure Non-Human Personalized Medicine For anti-disease and anti-aging Super-computing Super-programming Bioinformatics skills Species Genomics Molecular Breeding Biotechnology

TGI Roles Genome Preventive Diagnostics Medicine Personalized Medicine Korean Genome Project Pathogenic Genome info. Molecular Biotechnology Genome Diagnostics Preventive Medicine Personalized Medicine High sensitivity: Early detection of diseases Predicting genetic risk factors Genomics based treatment of Cancer and Aging

TGI Principles & Rules 헌법 경영 홍익 인간 Constitution Management For humanity 과학철학 기반 실용주의 Practical Technology Science Principles

Interaction/collaboration TGI Management Resources ISO’s Website: www.iso.org ISO videos: www.youtube.com/PlanetISO ISO 9001 paper: 114-Bioinformatics lab ISO9001 standard For customers Teamwork Leadership Followship Principle and Process based Sustainable Automated Fact and Ration Based decision Win-win Interaction/collaboration

TGI 조직 생활(Korean) 대한민국 헌법 기초 인격존중 평등권 => “씨” 호칭 및 존댓말의 사용 제2장: 국민의 권리와 의무 제11조: 모든 국민은 법 앞에 평등하다. 누구든지 성별, 종교 또는 사회적 신분에 의하여 정치적, 경제적, 사회적, 문화적 생활의 모든 영역에 있어서 차별을 받지 아니한다. 사회적 특수계급의 제도는 인정되지 아니하며, 어떠한 형태로도 이를 창설할 수 없다. 인격존중 평등권 => “씨” 호칭 및 존댓말의 사용 => 직접적이고, 즉각적 서로간의 대화, TGI 이메일로 정보 공유

TGI Professional Work Ethics Based on Korean Constitution CHAPTERⅡ Rights and Duties of the Citizens. Article 11 [Equality] All citizens shall be equal before the law, and there shall be no discrimination in political, economic, social, or cultural life on account of sex, religion, or social status. (2) No privileged caste shall be recognized or ever established in any form.  (3) The awarding of decorations or distinctions of honor in any form shall be effective only for recipients, and no privileges ensue therefrom. Respect Equality => Respectful form of Korean language at all times. Direct and immediate communication. Utilizing on-line communication methods http://korea.assembly.go.kr/res/low_01_read.jsp?boardid=1000000035

TGI Attitude (In Korean) 독립적, 자유로운 사고, 추진력, 책임감 애국심에 기초한 원칙과 헌법에 대한 정확한 이해를 기반 학문에 대한 아주 성찰과 철학, 정직함 생물학적 문제에 대한 관심과 열정 문제해결에 대한 자신감과 편안감

TGI Attitude (English) Independent and Critical Thinking Precise understanding on the rules that are based on constitution and loyalty to the nation Understanding and Philosophical thoughts on Scientific research Passion in studying Life Confidence in solving problems

Students Manual Lab meeting : Every Wednesday 11:00 AM Undergraduate student weekly discussion session : Every Sunday 11:00 PM We are sharing discussion materials on Google drive. Please ask to Sung won Jeon (jsw0061@gmail.com) Linux: Bioinformatics programs are working on Linux server. So you need to know basic Command Line Usage. ( http://lifehacker.com/5633909/who-needs-a-mouse-learn-to-use-the-command-line-for-almost-anything ). We have Hawk server for students. To make your server account, Please ask to Sungwon Jeon (jsw0061@gmail.com) Principle of sequencing : http://youtu.be/womKfikWlxM (Illumina paired end sequencing technology) Undergrad mailing list: tgi_undergrad@biolist.org

Bioinformatics Tool Manual How to use NCBI data (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)

Bioinformatics Tool Manual Search the sequence that you want to find

Bioinformatics Tool Manual Whole genome sequence

Bioinformatics Tool Manual Whole genome sequencing analysis pipeline File format Fasta Fastq Sam Bam VCF Using program Rawread QC : FastQC v0.11.2 Rawread filtering : NGSQCToolkit v2.3.3 Delete duplication : picard v1.114 Merge bam : samtools v0.1.19 & sambamba Mapping : bwa v0.7.8 Realign : GATK v2.3.9 Recallibration : GATK v2.3.9 Genotyper : GATK v2.3.9

Bioinformatics Tool Manual Perl : a family of high level, general-purpose, interpreted, dynamic programming languages. Bio Perl : a collection of Perl modules that facilitate the development of Perl scripts for bioinformatics application ( http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page ) For Beginners : http://www.bioperl.org/wiki/HOWTO:Beginners Quality Control Program Alignment Program Other Program NGS QC Toolkit : The quality control(QC) of NGS data (http://59.163.192.90:8080/ngsqctoolkit/ ) Burrows-Wheeler Aligner (BWA) : a software package for mapping low-divergent sequences against a large reference genome (http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtml#4 ) SAMtools : a set of utilities for interacting with and post-processing short DNA sequence read alignments in the SAM, BAM format.

Bioinformatics Tool Manual SAMtools is used for viewing BAM files, sorting, indexing, merging, making consensus sequence

TGI Resources TGI (The Genomics Institute) Home page. http://thegenomicsinstitute.org/index.php/Main_Page Genomics 에 관한 정보 공유: Genomics 에 빠른 이해, 참여 활동을 통해 다양한 아이디어를 서로 유발하기를 기대 * TGI open free online site 에 정보 추가 및 링크 방법: 다음의 페이지에 따라 실행 * TGI open free online site에 정보 공유에 대한 어려움이 있으면 유전자 분석팀에게 문의  

Password: ss (small letter) TGI Resources 1) TGI site 에 가서 로그인을 한다 => ID: s, PW: ss http://thegenomicsinstitute.org/index.php/Main_Page ID: s (small letter ) Password: ss (small letter)

TGI Resources 2) 주소창에 커서를 두고 Main_Page를 지우고 쓰고 싶은 주소를 영문으로 친다 => http://thegenomicsinstitute.org/index.php/DNA (DNA라는 페이지를 만들고 싶은경우) Deleting Main_Page Typing DNA

Click Main Page and Edit TGI Resources 3) Enter를 누르고 DNA 페이지가 생기면 그 상태에서Main_Page 에서 edit을 누른다. 4) DNA 페이지를 링크 하고자 하는 위치에 건다. => 링크하고자 하r 위치: 유전자 [[DNA [“유전자”]] 5) 저장하면 유전자라는 위치에 DNA 페이지가 링크 된다. Click Main Page and Edit Edit Main Page

TGI’s Genome Lab Location Lab name: Genome Lab. Room 210 ,Building 103, UNIST UNIST-gil 50, Eonyang-eup, Ulju-gun, Ulsan 689-798, Republic of Korea -울산광역시 울주군 언양읍 유니스트길 50 울산과학기술대학교 103동210호 게놈연구소 -울산광역시 울주군 언양읍 유니스트길 50 울산과학기술대학교 114동 308-8호 게놈연구소 (Bioinformatics)

DIRECTION 기 차 자동차 대중교통 비행기 경부선 [KTX울산역]: 337번 버스 이용 (택시 이용시 약 5분) 기 차 경부선 [KTX울산역]: 337번 버스 이용 (택시 이용시 약 5분) 동해남부선[태화강역]: 133,337,733번 버스이용(택시 이용시 약 30분) 자동차 경부고속도로→서울산 IC →울산방면 24번 국도 →UNIST (10분 소요) 대중교통 비행기 1) 시내버스 이용 : 402,412,432,452번 버스 이용 (신복로타리 하차 후 맞은편에서 733 환승) 732번 시외버스터미널 하차 후 733번 환승 5003번 리무진버스 이용 2) 택시 이용 : 약 30~35분 소요 울산고속/시외버스터미널 :133,337,733,807번 버스 (택시 이용시 약 25분) 신복로타리 :733버스 (택시 이용시 약 16분)

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