VectorNTI 사용법 교육 Insilicogen, Inc. Consulting Team 이 기 용
1. Company Introduction 2. VectorNTI 3. TRANSFAC 4. Demonstration Contents 1. Company Introduction 2. VectorNTI 3. TRANSFAC 4. Demonstration
Contents 1. Company Introduction
Overview 인실리코젠은 생물정보학 분야에서 오랫동안 다양한 경험을 축적한 성원들로 구성된 생물정보학 컨설팅 전문회사입니다. 주요 사업으로는 Biomax, BIOBASE, Geospiza, Invitrogen 사 등의 생물정보학 관련 솔루션을 국가연구기관이나 학교 등에 공급하고 관련된 생물정보학 컨설팅을 하고 있습니다. 특히 생물정보학 솔루션의 경우 철저한 제품교육과 컨설팅이 필수적인 만큼 폐사는 생물정보학 전문가로 구성된 컨설팅팀을 운영하여 교육과 컨설팅을 담당하도록 하고 있습니다. 기타 외부 전문가의 자문을 통해 보다 심화된 교육 및 컨설팅을 지원하고 있습니다. 회 사 개 요 구 분 내 용 회 사 명 ㈜인실리코젠 (Insilicogen, Inc.) 주 소 서울시 강남구 수서동 한신사이룩스 1307호 연 락 처 Tel. 02-2149-0040~2, Fax. 02-2149-0043 사업 부문 Bioinformatics SI Bioinformatics Solution sales and marketing Consulting
생물정보 전문기업 Organization 연구소 세일즈&마케팅 팀 컨설팅팀 개발팀 솔루션 공급 새로운 분석기법 연구 최적의 솔루션 제안 새로운 분석기법 연구 최신 기술동향 분석 국가과제 수행 공동연구 수행 분석서비스 생물정보 전문기업 컨설팅팀 개발팀 Application 개발 통합시스템 설계 및 개발 시스템 문제 해결 Bioinformatics 컨설팅 새로운 분석기법 소개 소프트웨어 사용법 교육
Products 주요 기능 제품명 PC S E R V VectorNTI 다양한 DNA/Protein 서열 데이터 관리 및 분석 기능 통합 패키지 프로그램 Transcription factor 관련 데이터베이스 및 예측 프로그램 PC TRANSFAC DNA chip 데이터 관리 및 분석 프로그램 GeneSpring DNA sequencing 연구실에 적합하게 설계된 LIMs 시스템 S E R V Finch-suite EST sequencee clustering & assembly 시스템 HarvESTer Automatic genomic or EST annotation 시스템 Pedant-Pro
Contents 2. VectorNTI
VectorNTI Advanced Overview Features 생물학 데이터 관리 분석에 활용되는 통합분석 프로그램으로 복잡한 생물학 데이터를 직관적인 GUI(Graphic User Interface)를 통해 제공하고 있다. 다양한 분석기능을 통합 제공하여 사용자들은 적은 인력과 비용으로 효율적인 분석이 가능합니다. Features 다양한 생물학데이터 포맷 지원 복잡한 생물학 데이터를 database로 구축하여 관리(검색, backup, restore) 사용자편의 GUI 제공 다양한 분석기능을 통합 제공
VectorNTI Advanced Module VectorNTI VectorNTI Explorer을 이용한 데이터 통합관리 8개이 카테고리별 데이터 관리 Primer design, DNA construction Blast 검색 Contig Express 크로마토그램 파일 어셈블리 기능 Sequences trimming 기능 Color coding option(사용자가 이해 용이) Bioannotator Pfam, Prosite, Blocks database를 이용한 모티프 및 도메인 분석 분자의 물리화학적 특성 제시 Query molecule의 map과 sequence 특징의 연결 분석 기능 AlignX ClustalW 연산의 변형으로 sequence 데이터의 다양한 정렬 Setup 파라메터의 조성 및 align 부위의 재정렬 직관적인 데이터 분석을 위한 display setup Guide tree 및 Dot matrix 제공 GenomeBench Reference genomic 서열을 이용한 DNA 서열분석
VectorNTI Advanced Plant Physiology, June 2001, Vol. 126, pp. 717-730,
VectorNTI Advanced Genome Research, 2004
VectorNTI Advanced Nature Genetics Vol 34 No 4 Aug, 2003
Contents 3. TRANSFAC
TRNASFAC Overview Database composition TRANSFAC 데이터베이스는 유전자 발현 조절에 가장 중요한 단계인 전사(transcription)단계에서의 유전자 조절과 관련된 정보를 제공하는 데이터베이스TRANSFAC 데이터베이스는 단순히 정보를 제공할 뿐 아니라 TRNASFAC 데이터베이스를 이용하여 DNA 서열에서 transcription factor binding sites를 예측할 수 있다(Match, Patch) Database composition FACTOR: Transcription factor의 발현 패턴과 관련된 정보 뿐만 아니라 기능적, 구조적, 물리화학적 성질에 관련된 정보를 제공하며, transcription factor의 DNA-binding domain의 성질에 따라 분류되어진 정보를 제공한다. SITE: Transcription factors binding sites와 관련된 정보를 제공하며 genomics 서열과 consensus binding 서열 정보를 제공한다. MATRIX: Transcription factor binding site를 예측하기 위해 이용되어지는 nucleotide distribution matrics를 제공하며 Match 프로그램에 이용되어진다. GENE: Transcription factor에 의해 조절되어지는 유전자와 관련된 정보를 제공한다. CLASS: Transcription factor를 DNA-domain의 성질에 따라 분류한 classes CELL CHIP-chip Reference
TRANSFAC® Professional 9.1 TRANSFAC® Professional 10.1 TRNASFAC Module MatchTM: TRANSFAC 데이터베이스를 이용하여 만든 Position Specific Weight Matrix를 이용하여 genomic 서열에서 transcription factor binding sites를 예측한다. PatchTM: TRANSFAC 데이터베이스에서 만들어진 transcription factor binding sites의 pattern을 이용하여 genomic 서열에서 transcription factor binding sites를 예측한다. Database update status . TRANSFAC® Professional 9.1 TRANSFAC® Professional 10.1 .. Table Number of entries: Increase Updated entries FACTOR 6,017 8,021 + 2,004 1,160 SITE 15,244 17,492 + 2,248 269 FACTOR-SITE-Links 19,327 21,959 + 2,632 GENE 4,649 8,361 + 3,712 257 CHIP-chip 3,841 + 3,841 MATRIX 753 795 + 42 REFERENCE 11,126 12,697 + 1,571
TRNASFAC Nature Genetics Vol 36 No 12 Dec, 2004
Contents 4. Demonstration
Demonstration Flow Sequence data import (abi file) Transcription factor search Assembly running (Contig sequence) MATCH search PATCH search File export (Fasta format) File import (Fasta format) DNA sequence analysis (RES, Primer design) Protein translation Blast search Multiple alignment Domain, Motif search Entrez search PubMed search