NACST progress report 2001.11.2 신수용

Main features Data Manager Sequence Generator Simulator Plotter Handling input data (TSP.. Theorem proving) Sequence Generator Normal, hairpin, weight sequences Make new sequences, adding sequences Simulator Simulating the lab experiments Plotter Plotting the graph

Present status NACST ver 0.9 Sequence Generator 대부분 완성 지금 현재 tuning과 debugging 중

Spec for Sequence Generator Generating new sequences. Normal sequences Hairpin structures Weight sequences Adding new sequences to existing pools. By user By generator Test the sequences. Generating complement sequences.

Generating new sequences Simple Genetic Algorithm Roulette wheel selection Modified crossover (0.9) Mutation (0.05) Fitness measures H-measure (including 3’-end test) Similarity GC contents Melting temperature hairpin

Possible_hairpin_length center 1 2 3 Loop의 길이를 5로 했을 경우 Possible_hairpin_length 의 최소값: 6 bp ~ 최대값: center를 1의 위치에서 3의 위치까지 움직여가며 possible_hairpin_length 내의 범위에서 상보결합하는 base pair의 수를 조사 상보 결합한 base pair의 수가 possible_hairpin_length/2 이상이면 의 fitness 값을 가지고, 넘지 않으면 0 hairpin의 loop의 최소값: 5 따라서 fitness의 최대값은

Possible_hairpin_length center 1 2 3 hairpin이 일어나지 않아야 하는 길이의 최대값: 원하는 hairpin 부위가 완벽하게 결합하지 않았을 경우의 penalty: 그 외 나머지 부분은 pinLen을 제외한 부분의 길이의 ½이상 결합할 경우에 penalty 추가: 나머지 조건은 hairpin을 원하지 않는 경우와 비슷 fitness의 최대값 (Check한 범위 안에 원하는 hairpin이 없을 경우) (Check한 범위 안에 원하는 hairpin이 생성된 경우) (Check한 범위 안에 원하는 hairpin이 생성되지 않은 경우)

H-measure(1) Continuous base pair의 최대 허용 범위: default로 3 (1) 허용 범위를 넘는continuous base pairing(drun)에 의한 penalty: (2) duplex length의 일정 비율(default: 16%, 1/6) 이상 base pairing이 일어나면 continuous 여부에 관계없이 받는 penalty: 5’ 3’ 3’ 5’ Duplex length

H-measure (2) Continuous base pairing에 대한 penalty의 최대 값: 3’ 쪽을 고려하면 식이 h-measure의 최대값, 고려하지 않으면 식이 h-measure의 최대값이 됨

Similarity h-measure와 같은 방법으로 계산 continuous하게 비슷한 경우 penalty 더 부여 최대값 5’ 3’ 5’ 3’ compared length

GC contents Simple penalty Fitness value range : 0 ~ 100

Melting Temperature Nearest Neighbor method 좀 더 많은 data를 추가할 예정 SantaLucia Unified data 좀 더 많은 data를 추가할 예정 Penalty: Fitness value range : 0 ~ 100

Not yet! Data Manager (will be coming soon ) Plotter (not hard, we think so!) Simulator We hope to release next summer.