텍스트 기반 및 서열 클러스터링에 의한 단백질 분류 O, Jangmin 3/30/01
텍스트 기반 및 서열 클러스터링에 의한 단백질 분류 수행 기간 : 2000.9.16 ~ 2001.5.31 주관 연구 기관 : 서울대학교 사업 구분 : 특정 연구 기초 참여 연구원 김성동 오장민 조동연 정태진 정승우
과제 목표 EST (Expressed Sequence Tag) 에 대한 블라스트 매치 결과 Yeast, Arabidopsis thaliana 에 대한 기능 분류는 거의 상당 부분 이상 되어 있음 단백질 기능 분류 (classification of protein functional categories) 고추, 인삼등 국내 식용 및 약용 식물에 대한 EST 결과 분석 도구
유의점 분류 사전 구축 블라스트 결과로부터 소속 카테고리를 어떻게 찾을 것인가? 정보 검색 기법?
블라스트 결과 포맷 KS01002A01$729$> gi|2833291|sp|Q17865|YTE4_CAEEL HYPOTHETICAL 60.9 KD PROTEIN C09G1.4 IN CHROMOSOME X pir||T19139 hypothetical protein C09G1.4 - Caenorhabditis elegans emb|CAA90541.1| (Z50176) cDNA EST EMBL:M76120 comes from this gene~cDNA EST cm06h8 comes from this gene~cDNA EST yk177b11.5 comes from this gene~cDNA EST yk177b11.3 comes from this gene~cDNA EST yk215f3.5 comes from this gene [Caenorhabditis elegans]$[Caenorhabditis elegans]$546$35$5.00e-01$28/148$19$58/148$39$+2$
기능 분류 01 metabolism 01.01 amino-acid metabolism 01.02 nitrogen and sulphur metabolism 01.03 nucleotide metabolism 01.04 phosphate metabolism 01.05 c-compound and carbohydrate metabolism 01.07 metabolism of vitamins, cofactors, and prosthetic groups 01.20 secondary metabolism 02 energy 02.01 glycolysis and gluconeogenesis 02.04 energy 02.07 pentose-phosphate pathway 02.10 tricarboxylic-acid pathway 02.11 electron transport and membrane-associated energy conservation 02.13 respiration 02.16 fermentation 02.19 metabolism of energy reserves (glycogen, trehalose) 02.22 glyoxylate cycle 02.25 oxidation of fatty acids 02.30 photosynthesis