실습 – MODi Eunok Paek Dept. of Computer Science & Engineering

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1 실습 – MODi Eunok Paek Dept. of Computer Science & Engineering
Hanyang University

2 Download 실습자료 파일이름 : 2014년_동계_BIT_work_shop_practice.zip:
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3 Setting 파일 확인 Data file(*.mgf) Database(protdb.fasta)

4 MODi_param.xml 실행(메모장) Parameter setting mgf 파일명 + _param.xml 으로 저장
ex) mod_msms_param.xml

5 Parameter setting mod_msms_param.xml

6 Parameter setting qtof_msms_param.xml

7 Parameter setting trap_msms_param.xml

8 Execute MODi CMD창 실행 후 실습 폴더 이동 2 1

9 Execute MODi 명령어 : java –jar MODi.jar [파라미터 파일] Execute MODi
ex)java –jar MODi_v3.04.jar mod_msms_param.xml

10 Result [dataname].modi.txt 확인

11 [dataname].modi.xml 확인 MODeyeViewer.exe 실행 [dataname].modi.xml 열기
Result [dataname].modi.xml 확인 MODeyeViewer.exe 실행 [dataname].modi.xml 열기

12 Result [dataname].modi.xml 확인 결과 확인 (spectrum 확인)

13 Result [dataname].modi.xml 확인 결과 확인 ( Y, B-ion alignment)

14 Result [dataname].modi.xml 확인 결과 확인 ( spectrum 확대) 마우스 드래그

15 Result [dataname].modi.xml 확인 결과 확인 ( match to protein sequence )

16 MODi result analysis 실습
MODanal 실행 MODi 결과에 대한 analysis Java –jar MODanal.jar – i [결과파일.txt] –p [파라미터파일.xml] –fdr [FDR value] –d [Decoy tag] [FDR value] : false discovery rate. ex) fdr 1% [Decoy tag] : Decoy protein을 구분하기 위한 Protein DB에 추가한 Tag ex) java –jar MODanal.jar – i sample.modi.txt –p sample_param.xml –fdr 0.01 –d XXX_

17 MODi result analysis 실습
MODanal 실행 MODi 결과에 대한 analysis 실행 화면

18 MODi result analysis 실습
MODanal 실행 MODi 결과에 대한 analysis 실행 결과 [dataname].modi.id.txt