실습 – MODi Eunok Paek Dept. of Computer Science & Engineering Hanyang University
Download 실습자료 파일이름 : 2014년_동계_BIT_work_shop_practice.zip: 다운로드 : http://166.104.115.170:5000/fbsharing/EaQojVBQ
Setting 파일 확인 Data file(*.mgf) Database(protdb.fasta)
MODi_param.xml 실행(메모장) Parameter setting mgf 파일명 + _param.xml 으로 저장 ex) mod_msms_param.xml
Parameter setting mod_msms_param.xml
Parameter setting qtof_msms_param.xml
Parameter setting trap_msms_param.xml
Execute MODi CMD창 실행 후 실습 폴더 이동 2 1
Execute MODi 명령어 : java –jar MODi.jar [파라미터 파일] Execute MODi ex)java –jar MODi_v3.04.jar mod_msms_param.xml
Result [dataname].modi.txt 확인
[dataname].modi.xml 확인 MODeyeViewer.exe 실행 [dataname].modi.xml 열기 Result [dataname].modi.xml 확인 MODeyeViewer.exe 실행 [dataname].modi.xml 열기
Result [dataname].modi.xml 확인 결과 확인 (spectrum 확인)
Result [dataname].modi.xml 확인 결과 확인 ( Y, B-ion alignment)
Result [dataname].modi.xml 확인 결과 확인 ( spectrum 확대) 마우스 드래그
Result [dataname].modi.xml 확인 결과 확인 ( match to protein sequence )
MODi result analysis 실습 MODanal 실행 MODi 결과에 대한 analysis Java –jar MODanal.jar – i [결과파일.txt] –p [파라미터파일.xml] –fdr [FDR value] –d [Decoy tag] [FDR value] : false discovery rate. ex) fdr 1% 0.01 [Decoy tag] : Decoy protein을 구분하기 위한 Protein DB에 추가한 Tag ex) java –jar MODanal.jar – i sample.modi.txt –p sample_param.xml –fdr 0.01 –d XXX_
MODi result analysis 실습 MODanal 실행 MODi 결과에 대한 analysis 실행 화면
MODi result analysis 실습 MODanal 실행 MODi 결과에 대한 analysis 실행 결과 [dataname].modi.id.txt