Version 0.8 정 해 영 감염병연구센터/KRIBB

Slides:



Advertisements
Similar presentations
1/37 한글에는 전문적인 문서 편집을 위한 고급 기능이 있다. 문서를 편리하게 수 정할 수 있도록 도와주는 찾기 / 찾아 바꾸기, 다른 위치로 이동할 수 있는 책 갈피와 하이퍼링크에 대해 알아보자. 그리고 자주 사용하는 서식을 미리 정 해 놓고 쓰는 스타일 활용법과 스타일이.
Advertisements

전자책 (e-book) 사용 도움말 영성구현팀.  e-Book 바로보기 도움말 ① 가톨릭중앙의료원 홈페이지 오른쪽 상단 ‘CMC 영성구현 ’ 클릭 ② CMC 영성과 비전 창에서 ‘ 영성구현활동 ’ 클릭 ③ ‘ 핵심가치실천공모전 ’ 클릭 ④ e-Book.
데이터 완전삭제프로그램 Perfect Delete 사용설명서  주의 이 프로그램을 이용하여 삭제된 데이터는 어떠한 방법으 로도 복구가 불가능합니다. 그러므로 실제 데이터 삭제시 신중을 기하기 바랍니다.
목차 Contents 무선인터넷용 비밀번호 설정방법 Windows 7 Windows 8 Windows XP MAC OS.
Cary UV 분석 매뉴얼 1. 바탕화면의 Cary WinUV 클릭 정량분석 다 파장 동시분석 단 파장 분석
기초C언어 제1주 실습 강의 소개, C언어 개요, Cygwin/Eclipse 사용 컴퓨터시뮬레이션학과 2016년 봄학기
스마트워크(가상화) 외부 접속 방법 정보관리실.
순차, 조건, 반복 이점숙 같은 문제 다르게 해결하기 순차, 조건, 반복 이점숙
풀 다운 메뉴 File > New “intent” 이름을 넣고 OK 를 클릭한다.
<<< 시스템등록정보 “하드웨어-장치관리자” 설정 >>>
1. 신뢰할 수 있는 싸이트 등록 인터넷 익스플로러 실행 후 실행
1) 인터넷주소(강남구보건소)로 접속해주세요.
코크파트너 설치 가이드 Window 7.
아두이노 센서의 연결 디지털 및 아날로그 센서값의 특징 디지털 센서 핀 구조 및 연결하기 아날로그 센서 핀 구조 및 연결하기
증명서발급 출력오류시 대처방안.
KETS International Lounge 상담예약 방법
MySQL 및 Workbench 설치 데이터 베이스.
해외비즈니스출장지원 고객 신청 메뉴얼.
아파트관리비 청구서 이용 프로세스 안내 ㈜한국전산기술.
회원가입을 클릭하시면 학회홈페이지 회원가입페이지로 이동합니다.
Root Filesystem Porting
Communication and Information Systems Lab. 황재철
제 2 장 WML 시뮬레이터 및 무선인터넷 서버 설치
Root Filesystem Porting
SSL-VPN 설치 및 접속 설명서.
스크래치 언어 이해 스크래치 이용법 습득 고양이가 말을 하며 움직이는 예제 작성
Q. 방법#1을 해봐도 실행이 안될 때? Q. 점검 항목이 존재하지 않는다고 할 때?
TSRM 사용시 PC 기본환경설정 1. 로그인이 안되는 문제해결 1) Windows8 이상일때
이름 : 황 상 두 전화번호 : 이메일 : PinTool 이름 : 황 상 두 전화번호 : 이메일 :
통계 사용설명서 1. 구성화면 현재선택창 리스트박스 메인 메뉴 데이터 표출영역 GIS 영역.
NewsLetter ScrapMaster 사용설명서
19. 함수 포인터와 void 포인터.
1. 설치 2. SPC_Wave 사용설명 SPC_Reflow 사용방법은 Wave와 같습니다.
중증장애인직업재활 지원사업 업무시스템 사용자 매뉴얼 Version 1.0
파워포인터 활용 수영문화센터 전명복 만듦.
1차시: 낮과 밤이 생기는 원리 지구과학
스마트폰 입문과 활용 강사 : 정 훈 희 STEP 2. SNS(Social Network Service) - 트위터
8장. spss statistics 20의 데이터 변환
※ 인터넷 옵션 조치 방법 ※ ★ 신뢰사이트 등록 (1) ★ 우리들을 신뢰해주세요^^* 방법이 복잡해 보일지 모르지만
※ 편리한 사이버 연수원 사용을 위한 인터넷 최적화 안내 ※
CAD 실습 2013년 2학기.
Teaming pms.
Kernel, Ramdisk, JFFS2 Porting
지도교수 : 안미정 교수님 사이버 경찰학과 김영훈
학습목표 처음 만드는 비주얼 베이직 프로그램 프로그램 실행과 실행 파일 생성. 학습목표 처음 만드는 비주얼 베이직 프로그램 프로그램 실행과 실행 파일 생성.
Cold Spring Harbor Laboratory Press 저널 이용 매뉴얼
MATLAB Image Processing Toolbox
단축키 기능 1. 단축키 기능 설명 Alt + R 조회 S 저장 I 삽입 A 추가 D 삭제 P 출력 Q 닫기
소리 편집 안 재 형.
사람들이 도시로 모여들면서 일어나는 여러 가지 문제
컴퓨터 구성요소와 사용 컴퓨터 문서 작업 인터넷 활용
3차 발표: 양궁 게임 학번: , 이름: 조형윤, 박지훈.
Chapter 10 데이터 검색1.
1. 인터넷 보안 옵션 레지스트리 등록 Config Setup 클릭.
무선랜 사용자 설명서 (Windows Vista 사용자).
김덕용 게임 엔진론 Project 2차발표.
TrustNet 전자 협조전 사용설명서 목 차 작성,수정,삭제 결재함 처리현황 발송대장,접수대장
1. BlueSoleil 프로그램 설치 및 SETUP 사항
Installation Guide.
과제물 3호 3번 문제 설명자료.
유예 X-FILE *조사자* 1301권희원 1315이예지 1317장아정 1322홍자현.
2014 2학기 세미나 LOA1_손 / 발.
비축사업 전자계약시스템 도입 용역 사용자매뉴얼(업체담당자용) Version 1.0.
1) 인터넷주소(강남구보건소)로 접속해주세요.
연구장비 공동활용 지원사업 바우처 매뉴얼(참여기업)
Power Point 예제 디자인 적용 (서식) - (디자인적용) - (원하는 디자인 선택)
2학기 2학기 7월 26일(금) 14시에 덕성포탈에 로그인 하시면 합격/불합격/대기 여부를 확인하실 수 있습니다. 2학기
차세대 종합정보시스템 인트라넷 학생서비스 (기숙사) 사용자매뉴얼.
Chapter 11. 문서 인쇄 및 파일 형식.
장바구니 수강신청 제도 안내 장바구니 수강신청
Presentation transcript:

Version 0.8 정 해 영 hyjeong@kribb.re.kr 감염병연구센터/KRIBB Interactive visualization of alignments, trees and variants Gingr 사용법 Version 0.8 정 해 영 hyjeong@kribb.re.kr 감염병연구센터/KRIBB Sample input file: http://harvest.readthedocs.io/en/latest/_downloads/parsnp.ggr

Harvest란 무엇인가? Harvest는 Maryland Bioinformatics Laboratories(https://github.com/marbl)에서 개발한 core- genome alignment & visualization tool이다. 다음의 3 가지 프로그램으로 구성되어 있으며, gingr은 이 중에 서 유일한 GUI 프로그램이다. Parsnp – Core-genome alignment and analysis Gingr – Interactive visualization of alignments, trees and variants HarvestTools – Archiving and postprocessing 이 사용 설명서는 142 종의 결핵균(Mycobacteria tuberculosis complex) 유전체 서열의 분석 결과를 이용한 것이다.

[실행] $ ./gingr ./parsnp.ggr Reference sequence가 푸른 색으로 표시된다. H37Rv (NC_000962.3)

전체 유전체에 대하여 표시되는 곳이 박스로 표현된다. 이 박스를 마우스로 끌어서 움직이면 표시되는 영역이 바뀐다. 이곳을 제외한 나머지 어느 곳이든 마우스를 대고 스크롤하면 화면이 확대 또는 축소된다.

클릭을 하면 선택된 것 중심으로 총 7개의 샘플 이름이 왼쪽 창에 확대되어 표시된다. 선택된 샘플은 검정색 상자로 표시된다. 검정 상자 안에 마우스 포인터를 놓고 다시 클릭하면 원래대로 축소된다.

이쪽 화면에서 특정 clade에 마우스 포인터를 갖다 대면 그 이하의 영역이 선택된다.

확대되어 표시된 영역을 전체 view에서 보여준다. 이곳을 아무데나 클릭하면 원래대로 되돌아간다.

여기를 클릭하면 한번에 크게 확대되어 유전자(GenBank file을 reference로 사용하여 parsnp를 실행한 경우)의 확인이 가능하다. Feature 위에 마우스 포인터를 대고 있으면 annotation 정보가 나타난다.

어둡게 표시 곳은 alignment가 되지 못한 곳이다.

참고 자료 [논문] The Harvest suite for rapid core-genome alignment and visualization of thousands of intraspecific microbial genomes. Genome Biol. 2014;15(11):524. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4262987/ Harvest documentation: http://harvest.readthedocs.io/en/latest/index.html Ginr documentation: http://harvest.readthedocs.io/en/latest/content/gingr.html (Importing other files, File formats 등 고급 사용에 대한 설명은 이곳을 참고할 것)