Version 0.8 정 해 영 hyjeong@kribb.re.kr 감염병연구센터/KRIBB Interactive visualization of alignments, trees and variants Gingr 사용법 Version 0.8 정 해 영 hyjeong@kribb.re.kr 감염병연구센터/KRIBB Sample input file: http://harvest.readthedocs.io/en/latest/_downloads/parsnp.ggr
Harvest란 무엇인가? Harvest는 Maryland Bioinformatics Laboratories(https://github.com/marbl)에서 개발한 core- genome alignment & visualization tool이다. 다음의 3 가지 프로그램으로 구성되어 있으며, gingr은 이 중에 서 유일한 GUI 프로그램이다. Parsnp – Core-genome alignment and analysis Gingr – Interactive visualization of alignments, trees and variants HarvestTools – Archiving and postprocessing 이 사용 설명서는 142 종의 결핵균(Mycobacteria tuberculosis complex) 유전체 서열의 분석 결과를 이용한 것이다.
[실행] $ ./gingr ./parsnp.ggr Reference sequence가 푸른 색으로 표시된다. H37Rv (NC_000962.3)
전체 유전체에 대하여 표시되는 곳이 박스로 표현된다. 이 박스를 마우스로 끌어서 움직이면 표시되는 영역이 바뀐다. 이곳을 제외한 나머지 어느 곳이든 마우스를 대고 스크롤하면 화면이 확대 또는 축소된다.
클릭을 하면 선택된 것 중심으로 총 7개의 샘플 이름이 왼쪽 창에 확대되어 표시된다. 선택된 샘플은 검정색 상자로 표시된다. 검정 상자 안에 마우스 포인터를 놓고 다시 클릭하면 원래대로 축소된다.
이쪽 화면에서 특정 clade에 마우스 포인터를 갖다 대면 그 이하의 영역이 선택된다.
확대되어 표시된 영역을 전체 view에서 보여준다. 이곳을 아무데나 클릭하면 원래대로 되돌아간다.
여기를 클릭하면 한번에 크게 확대되어 유전자(GenBank file을 reference로 사용하여 parsnp를 실행한 경우)의 확인이 가능하다. Feature 위에 마우스 포인터를 대고 있으면 annotation 정보가 나타난다.
어둡게 표시 곳은 alignment가 되지 못한 곳이다.
참고 자료 [논문] The Harvest suite for rapid core-genome alignment and visualization of thousands of intraspecific microbial genomes. Genome Biol. 2014;15(11):524. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4262987/ Harvest documentation: http://harvest.readthedocs.io/en/latest/index.html Ginr documentation: http://harvest.readthedocs.io/en/latest/content/gingr.html (Importing other files, File formats 등 고급 사용에 대한 설명은 이곳을 참고할 것)